Al grano:
¿Se puede hacer algo contra esto o solo le queda tragar porque es un funcionario endiosado?
Sí, puedes hacer algo al respecto pero suelen ser simples trámites burocráticos que no conducen a ninguna parte.
El mecanismo depende de la universidad, pero una vez que tu novia pase el antiplagios de forma holgada, puede reclamar a quien tenga potestad sobre el asunto (coordinador de la asignatura, jefe de departamento, coordinador de grado, secretario de alumnos, coordinador de grado, etc).
En mi universidad este tipo de quejas iban por una plataforma y una vez ahí supuestamente hacían auditorías externas. Me consta que se usó este método varias veces y nunca se llegó a hacer la auditoría.
Lo mismo ocurre con el tema plagios, muchas universidades ni siquiera tienen un % de similitud para trabajos concretos (porque hay veces que es inevitable tener un porcentaje de coincidencia alto) y el criterio queda un poco al ojo del profesor. Si te sirve de consuelo, recuerdo que una vez una chica entregó un trabajo con 100% de coincidencia (literalmente sólo cambio el nombre a un trabajo del año anterior) y simplemente tuvo que repetir el trabajo porque la normativa de la universidad tenía un vacío legal para plagios en trabajos de prácticas.