El alojamiento en Amsterdam es relativamente caro para la calidad que tiene. Si te planteas quedarte en hostel, los StayOkay no están mal, tienen la opción de habitación individual con baño privado, la calidad/precio para ser Amsterdam es decente. El de Oost está bien situado, tienes una parada de tranvía al lado para ir al centro y los alrededores no están nada mal.
Sobre cuanto tiempo dedicar a Ámsterdam .. si quieres visitar museos y pasear por zonas interesantes, 3 días creo que está bien (pueden ser 2 o pueden ser 4, depende de cuanto te acabe gustando la ciudad). Lo bueno de Ámsterdam es que siempre puedes escaparte en una excursión de un día a la Waterland (Volendam, Edam, ..), a Zaans Schans a ver molinos o a Utrecht, que es una visita muy recomendable y está a media hora en tren.
Si te hace buen tiempo creo que visitar los parques de la ciudad merece la pena: Oosterpark, Westerpark o si tienes tiempo y vas en bici Amsterdam Bos, que es el que realmente mola. Voldenpark está bien, pero está muy masificado como casi todo el centro.
Si planeas visitar muchos museos infórmate sobre la MuseumKaart u otras tarjetas como la I Amsterdam City Card. La MuseumKaart es la que te va a incluir los principales museos y monumentos, incluyendo Van Gogh y Casa de Anne Frank, aunque es un poco cara la puedes amortizar visitando 4 o 5 sitios, en Amsterdam o cualquier parte de Países Bajos. Siempre que sea posible reserva tu entrada, en algunos museos es conveniente y en otros directamente obligatorio, incluso si tienes una tarjeta de museos.
Sobre museos específicos, el Van Gogh Museum no está mal, pero ten en cuenta que no tiene muchas de las obras más famosas. Si te interesa Van Gogh, su historia y su evolución como artista le sacas partido. Es posible que te acabe gustando más el Rijksmuseum (está al lado del Van Gogh, aparte de pintura también tiene objetos históricos en exposición), el Stedelijk puede ser más interesante si te gusta el arte moderno. Otros museos interesantes son el Allard Pierson, tiene una colección bastante decente de arte egipcio (del "prestado") o el Wereldmuseum, que no se suele nombrar mucho.
Si tienes un pase de museos te abre la opción a ir a distintas partes de la ciudad, dar una vuelta y echar un vistazo a museos que de otra forma no te animarías a pagar la entrada de entre 10 o 20€ para visitarlo. En el peor de los casos echas un vistazo rápido y te vas, en el mejor descubres algo que no esperabas.