Yo estuve en Amsterdam hace 6 meses y me encantó.
Logicamente pillar una bicicleta de alquiler para moverte por la ciudad, algo bastante util. Despues tienes en la plaza de Damm varias empresas que te dan "free tours", tours gratuitos por la ciudad donde te explican monumentos, historia y datos sobre ella. Al acabar el tour te piden la voluntad, si lo haceis no seais ratas y soltadle minimo 5 eurillos por cabeza, que se lo curran bastante (yo te recomiendo http://360amsterdamtours.com/ que conozco a los chicos y los hacen muy bien, ademas te echan una mano en lo que puedan con mucha informacion). Yo hice el de la ciudad y el del Barrio Rojo y acabé encantado.
Si estais solo tres dias no se si vais a querer ir a algun museo, yo estuve en Van Gogh y en Rijkmuseum y merece la pena echar un dia para verlos. Ana Frank no lo recomiendo porque suele estar petado (3 horas de cola) y para lo que es no merece la pena perder una mañana o una tarde para verlo. A no ser que tengas una manera de entrar directamente sin hacer la cola (a mi me coló una amiga que vivia en Amsterdam) no es recomendable.
Despues lo tipico, patear y patear la ciudad, visitar el Barrio Rojo por la noche, meterte en un coffee shop a fumarte un porro (si le das a los porros), canales, queso, patatas fritas etc etc
Tambien recomendable (si dispones de tiempo) hacerte un crucero por los canales, e ir a la biblioteca central o a un hotel que hay junto a ella (ahora mismo no recuerdo el nombre) y subir a la planta alta que te ofrece unas vistas maravillosas de la ciudad.