Hombre, QCD tiene muchos problemas.... conceptuales y de cálculo. Todo viene de confinamiento y libertad asintótica, que en el fondo son dos caras de la misma moneda. El hecho de que a altas energías los quarks sean libres y QCD sea perturbativa y se pueda calcular con ella y a bajas energías no.
-Que coño pasa dentro del protón, como son los estados ligados de QCD (Tenemos modelos y densidades partónicas, pero no una teoría fundamental).
-Que leches pasa con el vacio de QCD (Como se define, como se comporta, porque no viola CP).
-Como defines la masa de una partícula que no es más que asintóticamente libre (la masa de los quarks esta de todo menos bien definida, exceptuando quizas la del top).
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No es que este desfasada o tenga que ser reformulada, es que es prácticamente un camino sin salida desde el punto de vista de la cuántica perturbativa por sus características.... pero vamos, a altas energías funciona razonablemente bien xD.