Te voy a decir lo que yo creo, y es que creo que los Xenos existen desde antes que los ingenieros, ¿por qué? Pues porque en la cámara con las vasijas (la cámara con la cabeza gigante) hay un mural:
El Xeno parece estar crucificado y creo que todos sabemos lo que la crucifixion significa. Para mi es clarisimo que están divinizando al Xenomorfo. Si tu creas algo no lo adoras, es tu creación, conoces todo sobre ella (por ejemplo los humanos no adoramos a David, al contrario, lo tratamos bastante mal). Otro detalle es ese, igual que la tripulación ve a David como un ser inferior (por los motivos que sean), los Ingenieros nos ven a nosotros como inferiores. En cambio los Aliens persisten como una forma de vida superior, adaptable a cualquier entorno, por violento que sea, capaz de aprovechar el adn de la especie más cercana. Mutar si es necesario a una velocidad increible. De mantener a un sujeto vivo en un entorno hostil para el mismo con tal de asegurarse de su supervivencia para su evolución.
Ash: You still don't understand what you're dealing with, do you? Perfect organism. Its structural perfection is matched only by its hostility.
Lambert: You admire it.
Ash: I admire its purity. A survivor... unclouded by conscience, remorse, or delusions of morality
La sustancia
La sustancia se comporta como los Aliens. Si un facehugger fecunda a un perro surge un Alien diferente que si un facehugger fecunda a un humano (y la cadena sigue, si tenemos en cuenta alien vs predator). Por lo tanto, que fue antes? la sustancia o el alien? Extraen o sintetizan la sustancia de los Xenos? O los Xenos surgen como consecuencia de la interacción entre la sustancia y ciertas formas de vida?
Si la sustancia crea Xenos por qué al ingerirla lo que se crean son zombis (si eres humano) o te desintegra (si eres ingeniero). Pero es que además se comporta de una forma un poco más aleatoria ya que algunos ingenieros están infectados por esa sustancia (la cabeza que recogen) y otros se desintegran (el principio de la película).
Es jodidamente complicado el tema de la sustancia pero lo único que queda claro es que sí, la serpiente surge a raiz del contacto entre la sustancia y la lombriz, pero el Alien surge de que un humano que ha ingerido la sustancia impregne a una mujer humana y, el feto resultante, impregne a un Ingeniero. De ahí mi teoria de que hagas lo que hagas con la sustancia eventualmente vuelve a su origen, es decir, crea un Alien, un Xenomorfo.
Tu otro Spoiler.
Prometheus (LV 223) tiene lugar en un planeta diferente a Alien el 8º Pasajero (LV 426). LV 223 es una estación militar (varias en realidad) mientras que LV 426 es una roca en la que se estrelló una nave, es obvio que el Ingeniero de Prometheus no tiene relación con el de el 8º pasajero.
Dos explicaciones se me ocurren:
1) Shaw regresa al sistema y, en realidad, el SJ de Alien el 8º Pasajero es Shaw, de ahí que el Alien del 8º sea diferente al Alien que vemos en prometheus
2) El incidente en LV 426 tiene lugar mucho antes de Prometheus (de ahí que se diga que está fosilizado desde hace mucho en Alien el 8º pasajero) y por eso sugiero que los Xenomorfos existen desde antes que los Ingenieros.