Mi teoría es que el entrenamiento es demasiado para tu nivel (problema común en los box de CF, no adaptan los WODs al nivel de todo el mundo, y si no aguantas es que eres un mierda).
A partir de ahí, a parte de entrenar menos:
1.- El entrenamiento llevado muy al límite suele causar un estrés muy grande del sistema nervioso central. Se está poniendo bastante de moda (otra vez) hacer una rutina de estiramientos antes de dormir. En otros foros atletas semiprofesionales han dado reportes positivos haciendo esto.
2.- Básicamente como ya hemos dicho reduce las sesiones semanales. No sé cuántos días vas pero lo lógico quizá sea empezar por dos días e ir subiendo desde ahí. Empiezas yendo Lunes y Jueves, luego cuando esos dos días ya no causan problemas pasas a ir 3 días, etc. Todo es cuestión de progresión.
3.- Y también puede ser que no estés comiendo lo suficiente para el tipo de actividad que haces.
Faltan muchos datos para sacar conclusiones más concretas.