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Si, así funciona el cerebro y la Generación de Impulsos Anormales, se produce un alteración en las vías que recogen y envía los estímulos al cerebro creando este una elaboración dolorosa del mismo cuando es un estímulo "no nociceptivo" (No doloroso).
También te digo que no te fijes solo en el hombro, porque puede ser un "dolor referido" de cualquier estructura que está o estuvo lesionada. Cómo ya te comenté puede ser desde Síndrome del Desfiladero Torácico por afectación de las estructuras neurovasculares a su paso por escalenos, clavícula, primera costilla, pectorales y axila. También puede ser un dolor referido por trapecio o supraespinoso, así como también SLAP. Deberían hacer test funcionales para valorar en qué movimiento aparece el dolor y que movimiento te lo alivia.
Si solo fuese una rotura de fibras es raro que no se haya recuperado si bajaste la carga de trabajo y dejaste a los procesos de regeneración tisular trabajar.
Por otro lado, y ya que veo mucho "iluminado" por aquí pro-medicos y contra fisioterapeuta, solo puedes infiltrarte cuando sepa que tienes una evidente lesión y siempre y cuando esté recomendado. La sustancia que te recomiendo es PRP (Plasma Rico en Plaquetas), pues Corticoides y Ac.Hialuronico, es pan para hoy y hambre para mañana.
Por último, la EPI Eco-Guiada es una técnica con evidencia científica de sobra que viene bien para sanar el tejido mediante una electrólisis (destrucción del tejido necrotico-fibroso a través de una corriente galvánica) siempre y cuando se demuestre que tienes algun tejido lesionado y que se ha cronificado la lesión, por ejemplo: Tendinosis del supra, Bursitis subacromial, etc etc.
Posteriormente, deberás trabajar a cargas bajas y con repeticiones aquellos movimientos limitados e ir poco a poco perdiendo el miedo al movimiento (kinesofobia) y recuperando la funcionalidad.