Nosotros también hemos tenido problemas, perder los cambios de una escena y cosas así. Lo q hacíamos, es una copia de la escena para trabajar sobre ella y cuando vas a subir los cambios, pillas el fichero con bloqueo, metes tus cambios, los subes y liberas el fichero. Es un coñazo, pero era la única forma de asegurarse.
Tenemos de oferta durante 10 días este plugin para ayudar en este tipo de problemas
https://www.assetstore.unity3d.com/#/content/9733
No lo he probado, si alguien se anima, q nos cuente!