Que cada parte se corresponda a un CD me parecería perfecto, porque si bien es cierto que el CD tiene más historia, en los CDs 2 y 3 es cuando tienes disponible todo el mapa + las historias de secundarios.
Si el objetivo del Remake es que estas historias de secundarios sean mucho mejores + rellenar huecos en la historia, tienen la oportunidad de hacerlo mejorando las partes 2 y 3, las cuales son ligeras en cuanto a contenido del main-plot.
Lo que me temo es que dividiran el contenido del CD en 2 partes, dejando el juego con 4 partes. La primera parte sera Migdar (con muchisimo contenido adicional, espero), la segunda hasta el suceso X nunca antes spoileado y las partes 3-4 siguiendo los CDs... y extendiendo historias.