Primero vamos a dejar claros algunos hechos de Mass Effect:
1- Saren es controlado por el Sovereign y cree, en un principio, estar haciendo lo correcto para salvar la Galaxia cuando tumbas sus argumentos se busca el argumento desesperado de que es mejor estar del lado de los que van a aniquilar todo para tener una pequeña probabilidad de sobrevivir.
2.- Cerberus es parte de los malos: invierte en ExoGeni (Noveria, Feros) con especial interés en la Thoriana
3.- Saren también trabaja con ExoGeni
4.- Al final Saren acaba convirtiéndose al 100% en un "avatar" del Sovereign
En teoría Shepard está muerto (no sabemos cómo) pero de algún modo está vivo y no solo eso si no que está trabajando con o para quienes fueron sus enemigos (Cerberus) y reclutando a los tíos malos de la Galaxia (como mucho se salva "Archangel" 
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Lo que realmente pasó:
Shepard murió al final de Mass Effect cuando se le cae un trozo de ciudadela o nave (no lo recuerdo exactamente) encima pero el Sovereign se descarga de alguna manera en él y consigue controlarlo, a partir de ahí ya somos "el malo" por eso salen esas venas raras cuando el ME2-Shepard está herido y por eso tenemos nuevas clases tan jodidamente abusivas.
Los Collectors no son para nada los malos de toda la historia, al contrario, se han dado cuenta de que los humanos son una especie peligrosa (¿quizá porque son fácilmente controlables por los reapers?) y por eso están intentando acabar con ellos (En realidad los collectors llevan presentes en la galaxia desde bastante antes de que los humanos descubrieran el relé de masas y, de hecho, los Collectors estuvieron abduciendo y estudiando a los quarians).
Los intereses de Cerberus en todo esto están muy claros: en su obsesión por mejorar a la especie humana tienen la intención de crear una especie de híbridos humano-reaper que puedan controlar (ver: thoriana y lo que le pasó a Saren) y ME2-Shepard es el primero de todos ellos.
Los rachni cuadran en toda esta historia igual que la Thoriana, la reina menciona "el cantar" como una forma de controlar a los suyos 
El final último de todo esto es un hibrido superhumano controlable (Humano+reaper o derivados de Shepard), y quizá puede que la finalidad absoluta del proyecto sea derrotar a los reapers (o subyugarlos para forzar los híbridos) y que Cerberus/humanidad domine la Galaxia (???)
Como masterplan final Cerberus quiere derrotar a los Collectors para estudiar a su líder que tiene la capacidad de controlar a cualquiera de sus "hombres" en cualquier momento.
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