Hombre yo diría que una cosa es el desarrollador y otra cosa el distribuidor.
El desarrollador probablemente tenga pactada una cantidad por cada copia vendida con el distribuidor que es quien la vente a páginas web y así. Steam funcionará como un distribuidor. Según lo veo yo
Desarrollador -----> Mayorista (o Steam) ----> Minorista
Por eso Steam vende más barato se ha integrado hacia abajo en su negocio (y ahora un poco hacia arriba, acercandose a los desarrolladores), vende al mismo margen que un minorista, pero más cantidad por vender más barato al llevarse más cuota de mercado.
Así que no, el desarrollador no pierde. Gana lo mismo.