#8 Vale, el problema es: quieres un certificado software reconocido por la Administración y que además solo te permita autenticación. El gratuito, que es el de la FNMT, tiene autenticación y firma.
Quizás puedas conseguir alguno de representante o algo similar que sea solo de identificación, pero cobrarán por él. Indaga por la web de la FNMT a ver qué certificados tienen.
Sobre el certificado de persona física de la FNMT no tienes que instalarlo en el keystore del sistema si no quieres (aunque a mí no me parece una mala opción siempre que lo marques como no exportable).
Si finalmente te rindes y usas el de la FNMT, tienes estas opciones.
Ordenando de más a menos seguro:
-Almacenar el certificado software en un almacén de claves hardware (tienes la oferta de yubikeys a 10$, no he probado a usarla para esto pero en la documentación de la yubikey 5 se indica que tiene almacén de claves).
-Almacenarlo en el almacén de claves del sistema operativo -marcándolo como no exportable-. Te quedarías una copia protegida con una contraseña fuerte en tu gestor de contraseñas (yo uso Bitwarden) o almacenamiento extraíble + backups.
-Tener el p12 en filesystem y meter la contraseña cada vez que quieras autenticarte con él.
¿Que peligro le ves a la segunda opción? El certificado estaría protegido con la autenticación de administrador del sistema, si crees que puede pasar usaría la primera opción.