Como se ha repetido en tantas ocasiones, la colonización fue planificada en Castilla y gestionada en Andalucía con la colaboración de las Canarias. Según los trabajos de Boyd-Bowman sobre el censo de colonos, entre 1492 y 1580, el 35,8% eran andaluces, el 16,9% eran extremeños, el 14,8%, castellanos y el 22,5% restante de diversa procedencia. En términos lingüísticos esto significa que el 52,7% de los colonizadores tenían como propias variedades meridionales de la lengua, con claro predominio de la andaluza.
Los andaluces siguen sin ser una mayoría importante, como para que una minoría dentro de un 35,8% pudiera afectar ampliamente a la población, ya que los árabes por lo general abandonaban sus tierras según avanzaba la Reconquista y los que no se quedaban aislados en el campo, y dudo que mandaran un no cristiano a América cuando parte del objetivo era cristianizar el continente. Además, la única razón por la que era gestionada en Andalucía es porque los barcos salían de Cádiz, no porque fuera más gente de allí.
Tienes razón en la importancia de la población de origen europeo para la genética de la población mexicana, wikipedia y una fuente que señala, pero ya que son comparaciones genéticas actuales se puede ver que la población que fue no era de origen árabe, ya que la relación genética es con población europea actual.
Probablemente las diferencias notables físicas se deban a que los genes nativos hayan predominado más (los genes europeos no suelen predominar en el mestizaje, si no fijate en la población mestiza afroamericana), ya que la población mexicana no se parece demasiado a la española exteriormente, aunque lo del tono de piel también puede ser principalmente por mayor exposición al sol, y no es muy diferente tampoco del que hay en España.