#1 Pregunta importante, ¿compraste la vivienda a un banco o a un particular? Hacienda no para de enviar a diestro y siniestro propuestas de liquidación de ese tipo, pues normalmente en la compra de una vivienda esa parte que no llega al valor del precio de mercado la pagan en negro.
¿Te han dado algún plazo para presentar un escrito de alegaciones?
En tu caso convendría contestarles diciendo que la administración ha hecho uso de unos valores que no están adaptados a la realidad, pues ya se llevó a cabo la autoliquidación del impuesto. Asimismo existe un error en la propuesta de liquidación provisional llevada a cabo por la administración, habiendo sido valorado el inmueble equívocamente tomando de base su valor de mercado, en lugar de su valor real de adquisición, que no es otro que el exigido por las normas tributarias como base imponible para el impuesto sobre transmisiones patrimoniales y actos jurídicos documentados.
Edit Vale, acabo de leer que has puesto "compra de piso de banco". Si le compraste el piso a un banco tienes las espaldas bien guardadas, pues en el caso de que presentes alegaciones a la administración en ningún momento, o al menos eso creo yo, te podrían decir que pagaste parte de la vivienda en negro.
Edit 2.0 En el caso de que haya expirado el plazo para presentar alegaciones, ni se te ocurra interponer un recurso de reposición, porque entre bomberos no se pisan la manguera. Lo más factible sería una reclamación económico-administrativa ante el TEAR, aunque sea un proceso lento.