Anonadado me hallo con algunos. Para #1, la respuesta ya te la han dado todos. Siéntete en paz contigo mismo y con los que te rodean.
Si tenías la misa y tu madre no te dice nada, pues seguramente no hubieses ido, y bien hecho. Si te lo pide tu madre, si no vas pues bien, y si vas, también. Aquí la Iglesia no tiene nada que ver, tú eres ateo, en la Iglesia no te van a convencer de nada, no te van a obligar a nada, ni a levantarte cuando toca, ni a rezar, ni a nada, no te tiene que importar ni el cuándo, ni el cómo, ni el dónde, acompaña a tu madre si le hace feliz, haces acto de presencia en recuerdo a la mujer fallecida, y ya está, no te estás traicionando a ti mismo por ir allí ni nada por el estilo, si estás convencido de tus creencias, algo tan simple como hacer acto de presencia no supone nada, no hay que darle tanta importancia.
A veces hacéis las cosas muy complicadas algunos. La Iglesia no muerde ni obliga a nada, en todo caso si no crees en su Dios, te pide respeto como cualquiera pediría para con sus creencias, y nada más.
Sobre el tema de casarse por la Iglesia, la cosa está en que con que uno de los dos crea en Dios, y sepa lo que representa el matrimonio, el otro debería dar su brazo a torcer y aceptar casarse por la Iglesia. El matrimonio es dar testimonio a Dios de que te unes a la persona con la que vas a querer pasar el resto de tu vida y dar testimonio de que amas a esa persona y deseas poner a Dios por testigo de que así es, para que bendiga vuestra unión. Eso es el matrimonio por la Iglesia, y si por lo menos uno de la pareja lo ve así, esa pareja se casará por la Iglesia, porque normalmente si uno de la pareja ve las cosas así al otro poco le falta.
Además, estamos hablando de casarse, estamos hablando de AMOR, se supone que quieres a esa persona como para pasar tu vida junto a ella, con sus manías, sus defectos, con todo, ¿y decís que no vais a poder soportar una boda en la Iglesia, o no vais a hacerla feliz si es su deseo el casarse por la Iglesia, no por capricho, si no por sus creencias?