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El tema de la seguridad yo veo que es cuestión de dinero, si tu haces algo desde 0 y te gastas pasta en hacer un auditoría de seguridad antes de ponerlo en producción arreglando todo lo que encuentren, te puede salir algo bastante seguro a pesar de ser nuevo.
Si eres una empresa pequeña o un desarrollador solo, probablemente no puedas permitir el lujo de gastarte el dinero en auditorias de seguridad, así que es mejor usar un framework o un CMS, que su uso diario en montones de web durante años ya ha hecho más o menos de auditoria por que se han ido descubriendo un montón de fallos y se han arreglado, así que sabes que estás usando algo medianamente seguro.
Además con el tiempo pueden se van descubriendo vulnerabilidades nuevas, así que en tú código personal tendrías que seguir invirtiendo en auditorias constantes, mientras que en el código de un cms/framework se van haciendo públicas y las va arreglando los que lo mantienen y en principio solo hay que actualizar la versión.
Otra opción a las auditorias es lo que hacen algunas páginas como Paypal, que tienen un sistema de recompensas. Si encuentras un fallo de seguridad y se lo comunicas por privado te pagan por descubrirlo y avisarles.