Yo no leo cómics en el Kindle (en mi caso los leería en el iPad) pero por lo que he leído puedes simplemente convertir de cbr a mobi (Calibre puede hacerlo) o abrir el cbr y sacar las imágenes y siguiendo esta guía http://wiki.mobileread.com/wiki/Kindle_HowTo:_Picture_Viewer meterlas en tu cacharro.
También puedes usar Mangle que al parecer funciona muy bien http://foosoft.net/mangle/