Para empezar, tu no puedes licenciar nada que sea gpl (que no freeware que no son lo mismo no confundas términos), ya que la propia licencia lo impide y cualquier modificación que hagas ha de ser hecha publica
UT lleva su propia saga de comandos ya que no han trabajado antes con la tecnología carmack, pero en los nombres muchos se parecen, Painkiller es otro motor distinto, y aun así muchos son parecidos, no hay un estándar que los defina pero no se diferencian mucho unos de otros.
Que comandos tiene HL2 que sean inútiles en el para jugadores o desarrolladores ?
Por cierto, menos de 6 meses el motor? Han estado 3 o 4 años un estudio entero programando el motor, nadie hace un motor en 6 meses xD, y aunque sí puedan basarse, y digo basarse sacar ideas y conceptos del anterior, a poco que hayas programado, sabrás que no hay prácticamente ni un 10% de código que pueda ser reutilizado del HL1 al 2, quitando 2 o 3 efectillos gráficos que no hayan cambiado.
Doom 3 no lo ha programado de 0, probablemente hayan reutilizado un poquito mas de código pero apenas, si nó, explícame por qué un código de red realmente bueno como es el de Quake 3 ha desaparecido en Doom, o mejor aun, dime que crees tu que pueden usar del motor de Quake para el Doom, si lo niegas, dime que es lo que usan.
El caso unreal es 3/4 de lo mismo, de UT99 al 2003 hay un motor completamente nuevo, (+-10/15% de codigo util), mientras que del 2003 al 2004 solo hay unas pocas optimizaciones. Al igual pasará con el unreal engine 3, será prácticamente nuevo. Mira, cuando creas un engine al cabo del tiempo se ha quedado tan desfasado en cuestión de programación gráfica que usar lo anterior solo ralentizaría el desarrollo del nuevo motor, se usa alguna cosilla básica y se reescribe pero poco mas, si estás metido en el mundillo lo sabrás perfectamente.
Lo de los enlaces, el segundo tan solo habla de los modelos y mappers, no habla para nada del código fuente del juego que es aquí a lo que vamos, y normal, los ficheros gráficos son un standard durante muuuchos años, al reves que el código.
Resumiendo, aunque se pueda usar una mínima base y reescribir otra parte, esto no llega ni al 5% de lo que podría ser el motor source o el 10% del Doom 3, con lo cual hacer esas afirmaciones de que no tienen mérito me parece un tanto tontas. Cualquiera que haya estudiado un mínimo de programación y se haya metido en este mundo de engines 3D y demás te lo podrá corroborar, mientras tanto hablar sin conocimiento es facil.